Szekciók

A vadon élő állatok közül a kisragadozók gyakran mutatkoznak lakott területeken, akár ingatlanokban. Emellett a természetjáró emberek szintén találkozhatnak velük. Ezek az állatfajok számos embert és háziállatokat is megbetegítő kórokozót terjeszthetnek, így e fajok kórokozóhordozásának vizsgálata mind állat-, mind humánegészségügyi szempontból fontos információval szolgálhat. Mivel a kishúsevők számos ízeltlábút, puhatestűt, gerincest fogyasztanak, illetve a természetes vizekből isznak, a One Health szempontokon túl az ürülékük e forrásokra vonatkozóan is információkat hordoz, amelyeket munkánkban metagenomikai vizsgálattal igyekeztünk elérni.

Kutatásunk során hét kishúsevőből származó bélsármintát gyűjtöttünk Magyarország két középhegységéből, emberi települések közelében levő túraútvonalakról és ezeket a mintákat metagenomikai módszerekkel elemeztük. Az ürítő egyedek fajára, az elfogyasztott állatokra és növényekre vonatkozó eredmények mellett számos potenciálisan patogén baktérium (pl. Escherichia coli, Klebsiella pneumoniae) és gomba (pl.Pichia kudriavzevii, Mucor spp.) szekvenciáját azonosítottunk.

A szekvenálás eredményéből kettő teljes és kettő közel teljes nyest (Martes foina) és egy teljes vörös róka (Vulpes vulpes) mitokondriális genomot állítottunk össze, ilyen hazai eredményekről eddig még nincs adat.

A mintáinkban található antimikrobiális rezisztenciagének (ARG)-k között pl. E. coliban és Citrobacter fajokban karbapenemek, monobaktámok, rifamicinek és glicilciklinek hatását befolyásoló rezisztenciagéneket találtunk. Foszfomicin rezisztenciában szerepet játszó ARG -ket találtunk a Buttiauxella ferragutiae, E. albertii, E. coli és a Pantoea agglomerans genomokhoz köthetően. A mintákból mind a négy metagenom assembly-vel létrehozott E. coli genom ExPEC-asszociált filocsoportba (B2, D, F) sorolható, és egyik sem a kommenzalistákra jellemző A vagy B1 csoportba. A baktériumgenomok elemzése során több, patogenitásban potenciális szereppel rendelkező virulenciafaktor génjeit (VFG) azonosítottunk pl. Ibes faktorok, Type 1 fimbirae és TTSS.

Továbbá, mindkét középhegységből származó mintákból azonosítottuk az Erannis ankeraria nucleopolyhedrovirus rövid, igen töredékes szekvenciáit, ami az E. ankeraria jelenlétére utalhat.

Ezek alapján úgy véljük, hogy az alkalmazott stresszmentes, non-invazív mintagyűjtésen alapuló megközelítés alkalmas egy One Health és egyben ökológiai szemléletű monitoring rendszer részeként. További kutatások javasolhatók a gazda teljes genomjának, ivarának, az elfogyasztott táplálék összetevőinek, illetve a bélben előforduló mikro- és makroparaziták még pontosabb leírása céljából a mienknél nagyobb (pl. 10 M klaszteres) mélységű szekvenálás alkalmazásával.