Szekciók

Az otitis externa gyakori megbetegedés kutyákban, amelynek kezelése gyakran nehéz és nem mindig eredményes. A terápiás kudarc oka részben az elsődleges okok és hajlamosító tényezők kiiktatásának nehézségeiben, részben a külső hallójárat anatómiai sajátosságaiban, részben pedig a kórokozó mikroorganizmusok (baktériumok, gombák) pontos azonosításának hiányában rejlik. A hagyományos mikrobiológiai diagnosztikai módszerek (tenyésztés, PCR) néha alkalmatlanok az elváltozások hátterében álló kórokozók kimutatására, különösen polimikrobiális fertőzésekben. A következmény lehet rekurrens vagy krónikus, végstádiumú otitis externa, amely gyakran csak invazív sebészeti beavatkozással, teljes hallójárat ablatio-val és laterális bulla osteotomia-val (Total Ear Canal Ablation, Lateral, Bulla Osteotomy, TECA/LBO) kezelhető.

A metagenomikai szekvenálás, különösen az Oxford Nanopore Technologies (ONT) nanopore szekvenálási platformja, lehetővé teszi a mikrobiom gyors, átfogó, valós idejű vizsgálatát, beleértve a kórokozók genetikai tulajdonságait (virulencia- és antimikrobiális rezisztenciagének). Jelen vizsgálatban egy 11 éves Yorkshire terrier jobb fülének külső hallójáratából, TECA/LBO műtét előtt vett mintát elemeztünk. A rutin tenyésztés során Pasteurella multocida és vegyes anaerob flóra volt kimutatható. Shotgun szekvenálás, majd a metagenom bioinfomatikai elemzése után után fény derült a Lawsonella clevelandensis jelenlétére. A baktériumból származó readek assembly-je után egy 1 909 339 bp hosszúságú, körkörös kromoszóma jött létre, amely 1727 prediktált gént tartalmaz. Ez gyakorlatilag a L. celevelandensis teljes genomját kiteszi. A Gram-pozitív, anaerob baktérium 2016-ban került leírásra emberi tályogokból. Mivel igényes és lassan növekszik, gyakran figyelmen kívül marad rutinvizsgálatok során. Állati eredetű metagenom-assembly-je eddig nem létezett. Egyetlen antimikrobiális rezisztenciagént (EXO-1, béta-laktamáz család) azonosítottunk, virulencia faktor géneket nem. A pángenom analízis nagyfokú genetikai diverzitást mutatott. Az állati eredetű törzs egyedi génprofilja alapján elkülönült az emberi izolátumoktól.

Az eredmények egyrészt rávilágítanak a gyors, nanopore szekvenálás alapú metagenomikai diagnosztika előnyeire a nehezen tenyészthető kórokozók esetén. Másrészt hozzájárulnak egy kevéssé vizsgált fakultatív patogén baktériumfaj, a L. clevelandensis megismeréséhez. A további kutatások elengedhetetlenek a kórokozó pontos szerepének tisztázásához, azonban az itt bemutatott eset megerősíti, hogy a metagenomikai megközelítések jelentős elemei lehetnek a jövő állatorvosi diagnosztikájának.